W miarę postępu dziś już nieokreślonych robót, a zapewne była to wymiana toru lub tylko szyn, powoli zanikała dawna stacja Ziemomyśl. W 1998 roku nastawnia dysponująca znajdowała się już w budynku po byłej nastawni wykonawczej, a cała prawa strona stacji była nieczynna (zdemontowane rozjazdy). W roku 2000 ze stacji pozostał na krótki okres czasu posterunek odstępowy. Ponieważ jego nastawnia dysponująca była nadal w budynku po nastawni wykonawczej, to przez okres jego istnienia można by mówić o dwóch różnych punktach o nazwie Ziemomyśl. Jednak na czas tych przebudów nie przestawiano semaforów wjazdowych, więc w zasadzie pozostanie jeden Ziemomyśl. Dawna stacja.